El nombre de Baena procede de Baius, nombre de un hacendado romano, que en la época árabe se transformó en Bayyana. A su vez, es la transcripción del nombre de una de las múltiples villas romanas que perviviría hasta la época visigoda y que en el siglo VII los invasores árabes-beréberes escogieron como lugar de asentamiento, fortificándola. En el término municipal de Baena abundan los restos ibero-romanos (Torreparedones, Izcar, cerro Minguillar, etc…).
Son numerosos los testimonios arqueológicos que ponen de manifiesto el asentamiento humano en la zona desde tiempos prehistóricos, destacando los yacimientos procedentes de la Edad de los Metales, además del legado cultural dejado por los íberos, con numerosos hallazgos religioso-funerarios (Torreparedones), entre los que se encuentra la llamada Leona de Baena, conservada en el Museo Arqueológico Nacional. Esta escultura fue hallada en el cerro del Minguillar, donde se cree que se hallaba Iponoba, ciudad ibérica citada por Plinio el Viejo.
Posiblemente su ubicación actual también se deba a la civilización musulmana: Baena cambia su emplazamiento en un intento de hacer de ella una ciudad fuerte contra el enemigo y dotándola de la Almedina, en cuyo seno construyen el castillo, la mezquita (la última parte de esta se cree que podría ser el primer cuerpo de la iglesia de Santa Mª la Mayor) y a su alrededor una población formada por mandos del ejército y la nobleza lugareña.
El siglo XX ha visto aumentar sensiblemente el casco urbano de Baena, que ha duplicado su extensión, y ha visto nacer varios polígonos industriales. Baena es una referencia en la producción de aceite de oliva virgen extra, contando con Denominación de Origen propia.
Tiene excelentes viñedos, incluidos en la Denominación de Origen Montilla-Moriles, y amplia riqueza en tierras de cereal. La confección industrial ha sido otra fuente de empleo en el segundo tercio del siglo XX. Baena cuenta con varias cooperativas que abarcan los sectores antes citados. La población de Baena está estabilizada en torno a los veinte mil habitantes, después de superar la crisis migratoria de los años sesenta.
